Ważny nurt działalności Fundacji stanowi organizacja i prowadzenie szkoleń oraz konferencji dotyczących problematyki dziecka krzywdzonego dla różnych grup zawodowych (pedagogów szkolnych i przedszkolnych, personelu medycznego, pracowników wymiaru sprawiedliwości, policjantów, pracowników socjalnych i in.). W ramach działań edukacyjnych Fundacja prowadzi również portal wiedzy nt. problemu krzywdzenia dzieci oraz corocznie organizuje konkurs prac magisterskich dotyczących tej tematyki.

Celem programu edukacyjnego Fundacji Dzieci Niczyje jest szerzenie wiedzy na temat problemu krzywdzenia dzieci oraz szkolenie profesjonalistów, którzy zajmują się pomocą dzieciom krzywdzonym.

W ramach poszczególnych programów Fundacji realizowane sa także szkolenia dotyczące specyficznych obszarów.